Plateforme Transcriptome
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ACTIVITES/EQUIPEMENTS

ACTIVITES


La plate-forme ne produit pas de puces

Description des démarches à suivre pour l’obtention pour de puces Humaines et Souris, Drosophiles et C.elegans.

PRESTATIONS :

  • Partie "Puces à ADN"
    • Conseil et expertise pour le Design Expérimental
    • Amplification des ARN totaux par PCR linéaire
    • Marquage fluorescent bicolore (Cy3, Cy5)
    • Hybridation, Lavage des puces
    • Scan des lames
    • Analyse des données
  • Partie PCR quantitative
    • Conseil et expertise pour le Design Expérimental
    • Encadrement des utilisateurs
    • Analyses des données
  • Partie Phospho fluoroimager
    • Encadrement des utilisateurs

EQUIPEMENTS

NOTRE

COLLABORATION

COMMENCE....

I- FORMULAIRE
Le laboratoire demandeur et la plate-forme étant tous deux acteurs du projet, des discussions avant et pendant la réalisation du projet sont indispensables afin de mener au mieux cette collaboration.
Pour débuter cette collaboration, vous devez enregistrer votre demande de puces à ADN au près de la plate-forme transcriptome via le formulaire.

>>>>>>>>>>Pour l’obtention du formulaire, Cliquez ICI.


II- DESIGN EXPERIMENTAL
Sur demande, la plate-forme peut fournir des conseils pour le design expérimental. Il est IMPERATIF d’avoir bien réfléchi au design expérimental. La mise au point du design expérimental a pour but de minimiser les variations techniques et de maximiser la possibilité d’observer des profils d’expression qui répondent au problème biologique.
Les questions que doit se poser l’expérimentateur sont :

  • Le nombre de puces : Le budget est un facteur essentiel. Facteurs prépondérants : Prix de la puce, Amplification et Marquage.
  • Les questions biologiques
  • Les variations biologiques
  • Les variations techniques
  • Le traitement des données (Normalisation et Analyse)

- Favoriser les réplicats biologiques plutôt que les réplicats techniques
Un minimum de 3 réplicats biologiques est nécessaire pour l’utilisation de tests statistiques (e.g. t-test) lors de l’analyse des données.
- Utilisation d’un échantillon de référence : Choix cohérent par rapport aux échantillons et à la question biologique posée.
- Qu’est ce qu’un Réplicat Technique ?

  • Le plus répandu : “dye-swap”
  • Conseil : “dye-switch” favorisant le nombre de réplicats biologiques ; statistiquement plus puissant pour un nombre de puces donné.

III- PROTOCOLES
Les différents protocoles utilisés par la plateforme sont disponibles sur cette page.

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