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Demande de puces


DEMANDE DE PUCES


Puces Souris et Humaines

Une puce humaine oligo 25 K et une puce souris oligo 25 K (25 000 oligonucléotides)
La sélection des oligonucléotides et le développement de ces puces sont le fruit d’une collaboration entre 3 plates-formes de Biopuces françaises (l’IPMC à Nice/Sophia Antipolis, le CEA à Evry et l’IGBMC à Strasbourg) et d’un laboratoire anglais du MRC (HGMP, Hinxton), dans le cadre du programme « ResoGen » soutenu par le RNG, Réseau National des Génopoles.
MEDIANTE, développée par K. Le Brigand et P. Barbry de l’IPMC à Nice/Sophia Antipolis, constitue la plate-forme bioinformatique du programme ResoGen. Toutes les informations sur les séquences et le design des oligonucléotides de chacune des puces se trouvent sur le site de MEDIANTE
Pour la COMMANDE DES PUCES, il faut s’inscrire sur le site du RNG :
- http://rng.cnrg.fr/contents.php3?origin=oligos
Un formulaire vous est envoyé, une fois celui-ci complété et signé, il sera à retourner au RNG. Ainsi, la commande pourra être effectuée par l’IPMC de Nice/Sophia Antipolis. Les puces sont acheminées au client par livraison rapide (2 à 3 semaines) et suivie.
Le fichier *.gal correspondant à la liste des oligonucléotides sur la puce peut être téléchargé sur le site MEDIANTE. Il est IMPERATIF de le fournir à la plate-forme.
Prix d’une lame : 80 € HT

Puces Drosophiles

Deux collections d’oligos longs sont actuellement disponibles
- Collection Operon 1.1 (Liste des gènes)
Cette collection contient 14593 oligonucléotides longs (70 mers), représentant 13664 gènes et 17899 transcrits selon l’annotation du génome de la Drosophile de la base de donnée Gadfly 3.1 (BGPD, Berkeley Drosophila Genome Project).
- Collection INDAC (Liste des gènes)
Cette collection contient 14444 oligonucléotides longs (70 mers) choisis selon l’annotation du génome de la Drosophile 4.1 en utilisant le logiciel OligoArray2. Selon l’annotation Flybase 4.2 , les oligonucléotides représentent 13900 gènes et 19239 transcrits.

Puces Caenorhabditis elegans

A Marseille, le laboratoire de Jonathan Ewbank produit des puces verres pour le modèle C.elegans.

Pour les autres modèles biologiques, des consortiums se sont constitués facilitant la fabrication des puces.


UTILISATION DES PUCES

Les puces, livrées dans des sachets soudés, protégées de l’humidité, peuvent être stockées à température ambiante et sont à utiliser avant la date limite indiquée sur le sachet. Une fois le sachet ouvert, les lames doivent être conservées au sec (dans un dessiccateur ou dans une cloche sous vide).
NB : Il est préférable que la plate-forme stocke elle-même les puces car elle possède tout le matériel nécessaire pour les conserver de façon optimale.

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