Plateforme Transcriptome
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Formulaire


NOTRE COLLABORATION COMMENCE....

I- FORMULAIRE


Le laboratoire demandeur et la plate-forme étant tous deux acteurs du projet, des discussions avant et pendant la réalisation du projet sont indispensables afin de mener au mieux cette collaboration.
Pour débuter cette collaboration, vous devez enregistrer votre demande de puces à ADN au près de la plate-forme transcriptome via le formulaire.

>>>>>>>>>>Pour l’obtention du formulaire, Cliquez ICI.


II- DESIGN EXPERIMENTAL


Sur demande, la plate-forme peut fournir des conseils pour le design expérimental. Il est IMPERATIF d’avoir bien réfléchi au design expérimental. La mise au point du design expérimental a pour but de minimiser les variations techniques et de maximiser la possibilité d’observer des profils d’expression qui répondent au problème biologique.
Les questions que doit se poser l’expérimentateur sont :

  • Le nombre de puces : Le budget est un facteur essentiel. Facteurs prépondérants : Prix de la puce, Amplification et Marquage.
  • Les questions biologiques
  • Les variations biologiques
  • Les variations techniques
  • Le traitement des données (Normalisation et Analyse)

- Favoriser les réplicats biologiques plutôt que les réplicats techniques
Un minimum de 3 réplicats biologiques est nécessaire pour l’utilisation de tests statistiques (e.g. t-test) lors de l’analyse des données.
- Utilisation d’un échantillon de référence : Choix cohérent par rapport aux échantillons et à la question biologique posée.
- Qu’est ce qu’un Réplicat Technique ?

  • Le plus répandu : “dye-swap”
  • Conseil : “dye-switch” favorisant le nombre de réplicats biologiques ; statistiquement plus puissant pour un nombre de puces donné.

III- PROTOCOLES

  1. Préparation des ARN : Non effectuée par la plate-forme => Caractéristiques requises des ARN totaux à fournir
    NB : La qualité de l’ARN est cruciale pour l’analyse de la lame.
  2. Amplification (Nécessaire si Quantité ARN< 5 µg) :
    - kit Amino Allyl MessageAmpII aRNA Amplification (Ambion)
  3. Marquage indirect :
    - kit Amino Allyl MessageAmpII aRNA Amplification (Ambion)
  4. Marquage direct :
    - kit Pronto !Plus Direct Systems (Promega).
  5. Préparation des lames (solution de blockage, d’hybridation et lavages) sont variables suivant le type de lames.

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Formulaire en format word (Formulaire)

mercredi 12 septembre 2007 par Magalie Celton


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